Méthodes d’identification et de quantification des moisissures de l’habitat : méthodes classiques, méthodes moléculaires

Publication date: Available online 15 November 2017
Source:Revue des Maladies Respiratoires
Author(s): E. Fréalle, V. Bex, G. Reboux, S. Roussel, S. Bretagne
IntroductionPour appréhender les répercussions de l'inhalation constante et inévitable de spores de moisissures il est nécessaire de les prélever, les identifier et les quantifier.État des lieuxLes prélèvements sont de trois types : (i) surfaces, de réalisation facile mais non quantifiables, (ii) air, faciles à calibrer mais limités dans le temps, et (iii) poussières, plus représentatifs dans le temps d'une exposition aux moisissures. La stratégie d'échantillonnage dépend des objectifs (exposition des personnes, objectiver la contamination, efficacité de la remédiation). L'identification des colonies obtenues en culture est réalisée par microscopie, Maldi-TOF, et/ou par séquençage ADN.PerspectivesLes capteurs à poussières, faciles à mettre en œuvre et peu coûteux, représentent une alternative pour la caractérisation qualitative et quantitative de la flore fongique lors des enquêtes à domicile. Le comptage des colonies devrait être progressivement associé aux méthodes de PCR quantitative en temps réel dans l'attente de standardisation des méthodes de séquençage à haut débit.ConclusionLa diversité des moisissures, du nombre de spores inhalées, et l'association à d'autres allergènes rendent l'évaluation des liens entre moisissures et impact sur la santé difficile, d'où l'importance du développement d'outils quantitatifs faciles à mettre en œuvre.IntroductionTo study the impact of the constant and inevitable inhalation of moulds, it is necessary to sample, identify and count the spores.BackgroundEnvironmental sampling methods can be separated into three categories: surface sampling is easy to perform but non quantitative, air sampling is easy to calibrate but provides time limited information, and dust sampling which is more representative of long term exposure to moulds. The sampling strategy depends on the objectives (evaluation of the risk of exposure for individuals; quantification of the household contamination; evaluation of the efficacy of remediation). The mould colonies obtained in culture are identified using microscopy, Maldi-TOF, and/or DNA sequencing.ViewpointsElectrostatic dust collectors are an alternative to older methods for identifying and quantifying household mould spores. They are easy to use and relatively cheap. Colony counting should be progressively replaced by quantitative real-time PCR, which is already validated, while waiting for more standardised high throughput sequencing methods for assessment of mould contamination without technical bias.ConclusionDespite some technical recommendations for obtaining reliable and comparable results, the huge diversity of environmental moulds, the variable quantity of spores inhaled and the association with other allergens (mites, plants) make the evaluation of their impact on human health difficult. Hence there is a need for reliable and generally applicable quantitative methods.



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